Dokumente des Klosters Einsiedeln belegen, dass ein Lampertus dem Kloster im Jahre 997 in Lengnau ein Stück Land geschenkt hat. Es sind die einzigen verlässlichen Hinweise, die von der Gründung einer Siedlung "Lengenach" zeugen.
Im 11. Jahrhundert gehörte Lengnau unter die Herrschaft der Grafen von Strassberg. Kirchlich gehörte Lengnau zum Bistum Lausanne. 1228 wird Lengnau unter den Namen "Lengieuwa" erwähnt und zwar im Zusammenhang mit einer Kirche oder Kappelle, die dem Heiligen Germanus geweiht war.
Im Kriege des Herzogs Leopold von Österreich gegen Solothurn 1318 - nur drei Jahre nach der Schlacht am Morgarten - verwüsteten die Freiburger Lengnau. In den Kriegswirren wurde auch die Kirche zerstört.
Graf Imer von Strassberg, der letzte seines Geschlechts, musste seine Herrschaft an Solothurn verpfänden. Politisch teilte die Ortschaft die Schicksale der Strassberg. Lengnau gelangte an die Grafen von Kyburg.
Das Einvernehmen zwischen den Kyburgern und der Städte Bern und Solothurn war seit langem angespannt. Nach dem Sempacher Krieg eroberten die Berner im Jahre 1388 Büren und damit fiel auch Lengnau an Bern.
